Управление Образовательным учреждением строится на принципах единоначалия и коллегиальности в соответствии с действующим законодательством и Уставом ОГКОУ Ивановская школа-интернат№1». Единоличным исполнительным органом школы-интерната является руководитель Образовательного учреждения - директор. Коллегиальными органами управления школы-интерната являются: Общее собрание трудового коллектива, Педагогический совет ОГКОУ «Ивановская школа-интернат№1». Коллегиальные органы управления Образовательного учреждения создаются и действуют в соответствии с Уставом и положениями об этих органах, утверждёнными Образовательным учреждением. В подчинении директора находятся заместители по различным вопросам: учебно-воспитательной работе в школе, дошкольной учебно-воспитательной работе, административно-хозяйственной работе. В свою очередь, каждый из них работает с методистами, председателями методических объединений, педагогом-библиотекарем, психологом, социальным педагогом, дефектологами школы, контрактным управляющим и т.д. Конечным звеном управленческой цепочки являются участники образовательного процесса (педагоги, обучающиеся, родители (законные представители), остальные сотрудники.
С Общешкольным родительским собранием при принятии локальных нормативных актов согласуются вопросы управления школой-интернатом, в целях учёта мнения обучающихся воспитанников, родителей (законных представителей) несовершеннолетних обучающихся и педагогических работников, затрагивающих их права и законные интересы. В школе-интернате созданы: методические объединения учителей; комиссия по осуществлению контроля качества питания; школьный психолого-медико-педагогический консилиум; ученический комитет; профессиональный союз работников Образовательного учреждения. Задача объединений - координация деятельности педагогов, совершенствование методической работы.
Директор несёт ответственность перед государством, обществом и Учредителем за свою деятельность в соответствии с функциональными обязанностями, предусмотренными квалификационными требованиями и Уставом школы-интерната, а также за организацию работы по противопожарной безопасности и антитеррористической защищённости.